健康管理システムとは、従業員の健康管理情報を一元管理できるシステムです。システムの利用で、業務の効率化や健康経営を実現します。2026年に向けて健康経営の評価基準が大きく変わる中、健康管理システムは数多くあり自社に合う製品は企業ごとで違うため、それぞれの違いや特徴を押さえておかなければ導入ミスにつながるので注意が必要です。

そこで本記事では、2026年以降の健康経営の最新トレンドを解説した上で、おすすめの健康管理システム12選を紹介します。それぞれの機能や特徴、無料での活用範囲を記載しているほか、健康管理システムの選定方法や注意点もお伝えしますので、ぜひご覧ください。

健康管理システム「ハピネスパートナーズ」資料をダウンロードする

関連ページ：
健診業務の業務負荷にお困りなら、紙・エクセルの管理から87%の工数削減を実現できる
健康管理システム「ハピネスパートナーズ」がおすすめ

健康管理システムとは

健康管理システムは、従業員の健康情報を一元管理し、その活用を通じて組織運営の効率化を図るシステムです。定期・特殊健康診断結果、ストレスチェック、就労状況、産業医面談記録など多岐にわたる情報を記録・保管し、分析・活用できます。

労働安全衛生法に基づき、常時50人以上の労働者を使用する事業者は定期健康診断結果などの報告義務がありますが、健康管理システムの導入は、この法定報告業務の事務負担を大幅に軽減します。

蓄積された健康情報の分析は、従業員の健康課題の早期発見、就業環境のリスク評価、適切な健康指導や産業医面談の支援を可能にします。これは、個々の健康保持・増進に加え、組織全体の生産性向上や健康経営の推進に不可欠です。

健康管理システムは、機能、操作性、セキュリティ、連携性などが製品によって大きく異なります。導入効果を最大化するには、自社の事業規模、業種、運用体制、解決すべき課題を考慮し、最適なシステムを選定することが重要です。

関連記事：健康管理システムとは？メリットや最適なシステムの選び方もご紹介します

健康管理システムの機能

健康管理システムには、一般的に以下のような機能があります。

• 健康診断の予約・結果管理

• 労働基準監督署への報告書の作成

• ストレスチェックの実施

• 産業医や保健師との面談の管理

• 保健指導や健診結果などの管理

• 健康リスクの可視化

• 健康診断や面談などのリマインダー

上記の機能は、健康管理システムによっては搭載されていないものもあります。また基本機能ではなく、オプション機能として追加料金が必要な場合もあります。

健康管理システム「ハピネスパートナーズ」資料をダウンロードする

健康管理システムのメリット

健康管理システムのメリットは、以下の4つがあります。

• 健康管理の効率化

• 法令遵守のサポート

• 健康診断後のフォロー

• 健康経営の推進に寄与

それぞれ詳しく解説します。

健康管理の効率化

健康管理システムの導入により、健康管理業務の効率化ができるポイントは以下になります。

• 健康情報の一元化による検索や照合時間の削減

• 電子化による管理工数の削減（印刷、配布、回収、ファイリング、保管など）

• 一括での健康診断の案内、受診勧奨

• システム上でのストレスチェックの実施と自動集計

• 労基報告書作成の自動化/サポート

特に、これまでバラバラに管理されていた定期健康診断結果やストレスチェックデータなど健康情報が一元化されることによって、検索や照合時間の削減ができることの効果が大きいです。また一人ひとりに健康診断の案内や受診勧奨をする必要がなく、例えば特殊健康診断や二次検査の対象者など特定の従業員に向けて、健康管理システム上で一括の連絡やリマインドが行える点も便利です。

健康管理システム「ハピネスパートナーズ」資料をダウンロードする

法令遵守のサポート

2025年1月から定期健康診断・ストレスチェック結果などの一部の労安法関係報告書は電子申請が原則義務化されます。現在紙で提出している企業は健康管理システムを導入することで電子申請に切り替えることができます。

また従業員の健康情報は要配慮個人情報にあたり、取扱いには適切な対策が必要です 。多くの健康管理システムにはIP制限／二要素認証／操作ログ自動保持などが搭載されているので、個人情報保護の観点からも安全性が高いです。

労基報告書の作成にあたっても、健康診断結果やストレスチェック結果などから自動で作成する健康管理システムも多いため、記載ミスが起きにくい点も安心です。

出典：厚生労働省東京労働局「労働安全衛生関係の一部の手続の電子申請が義務化されます（令和7年1月1日～）」

健康診断後のフォロー

全従業員の健康診断やストレスチェック結果を一元管理できるため、健康面で問題がある従業員がいれば一目で確認できます。また二次検査の受診勧奨も健康管理システムにより行えるため、管理者の手間を省くことも可能です。

健康経営の推進に寄与

健康経営とは、企業が従業員の健康管理をコストではなく投資ととらえて、健康管理や健康増進に取り込む経営を意味します。健康管理システムによって、定期健康診断結果やストレスチェックデータなど従業員の健康情報を一元管理できることで、健康課題を可視化できます。その結果、適切な健康経営施策の実施が可能になります。

関連記事：2025年度版！健康経営優良法人認定制度について

健康管理システムを選ぶ際のポイント

健康管理システムを選ぶ際のポイントには、以下の7つがあります。

• 必要な機能の有無

• 適正価格か

• セキュリティ対策

• 他システムと連携可能か

• 操作性や使い勝手の良さ

• サポートの充実度

• システムの形態

それぞれ詳しく解説します。

健康管理システム「ハピネスパートナーズ」資料をダウンロードする

関連記事：2024年健康管理システムの比較と選び方：機能別に見る最適な管理ツール

必要な機能の有無

具体的に健康管理システムで何を実現したいのか整理をしましょう。例えば、従業員の健康データを健康経営施策に生かしたいなら、年齢別や事業所別など複数の切り口で分析結果を簡単に出力できる機能があると良いでしょう。自社の関係者間で必要な機能と優先度も整理しておくと、比較する際に議論が進めやすいです。

適正価格か

必要な機能を満たしているシステムが見つかった場合も即決せず、他システムも合わせて検討してみましょう。同程度求めている機能がありながら、より価格が低いシステムがあるかもしれません。もしくは優先度の低い機能を一部諦めれば、大幅に価格が下がるシステムがある可能性もあります。

セキュリティ対策

健康管理システムでは従業員の個人情報を取り扱うため、セキュリティ対策が万全なのかも確認するポイントの1つです。セキュリティが不十分ですと、情報漏洩や記録の改ざんの恐れがあります。そのため、以下の点を確認しておきましょう。

・閲覧権限の設定を行えるか
・2段階認証やIP制限に対応可能か
・ISO27001やPマークを取得しているか

情報セキュリティ部門や担当者に確認して、自社のセキュリティ要件を満たした健康管理システムを選びましょう。

関連記事：健康管理システムで見るべきセキュリティ要件とは？導入の流れや実際のシステム紹介

他システムと連携可能か

健康管理システム導入の際は、既存の勤怠管理、人事管理、労務管理システムとの連携可否を確認しましょう。連携により、従業員の健康管理の有効活用と業務効率化が期待できます。手入力の手間が省けるなど、情報連携のメリットは大きいです。導入前に自社システムの確認が必要となります。

健康管理システム「ハピネスパートナーズ」資料をダウンロードする

操作性や使い勝手の良さ

健康管理システムの有効活用には、操作性と使いやすさが重要です。積極的に利用されず、負担を感じるようなシステムでは、従業員が健康診断やストレスチェックの結果を確認する際にも支障をきたす可能性があります。特に、PC操作に不慣れな従業員もいることを考慮すべきです。

システム導入にあたっては、管理者だけでなく従業員にも操作性や使い勝手を確認してもらいましょう。まずは無料デモやトライアルで実際に試してみることをおすすめします。

サポートの充実度

健康管理システムの導入時や運用時には、疑問やトラブルが出てくることもあります。そのため、健康管理システムを選ぶ際にはサポート体制が充実しているかも確認が必要です。またトラブルに迅速に対応するためにも、サポートの提供方法や提供している時間も確認を行いましょう。要望に合わせて追加開発やカスタマイズしてくれる健康管理システムもあるため、その点も確認できるといいでしょう。

システムの形態

健康管理システムの形態は、以下の2種類があります。

• オンプレミス

• クラウド

それぞれ詳しく説明します。

健康管理システム「ハピネスパートナーズ」資料をダウンロードする

オンプレミス

健康管理システムのオンプレミス導入は、自社でサーバーを構築・運用するため、高いカスタマイズ性と独自のセキュリティ対策が可能です。しかし、初期費用が高額で、導入や保守に手間がかかるというデメリットがあります。また、健康管理システムは法改正への対応が必須であり、自社でのアップデートが必要となるため、費用負担や担当者の保守工数が懸念されます。

クラウド

クラウド型の健康管理システムは、自社でサーバーを構築・管理する必要がなく、以下のメリットがあります。

• 初期費用を抑えられる

• 導入や運用が容易である

• インターネット環境があればどこからでもアクセス可能

一方、デメリットとして、既存システムとの連携が難しい場合があります。

クラウド型は、コストや手間を削減したい企業や、インターネット経由での利用を希望する企業に適しています。カスタマイズ性については、システムによって異なり、追加開発やカスタマイズに対応可能な場合もあるため、直接確認することが重要です。

導入実績が豊富か

豊富な導入実績は、多くの企業に利用されている証であり、信頼性の高さにつながります。導入実績と併せて、導入企業の業界や規模も確認しましょう。自社と類似した業界や規模の企業での導入が多いほど、自社にとっても使いやすいシステムである可能性が高いと言えます。

無料デモの利用やトライアルは可能か

システム導入前に試用することで、操作感の確認や従業員の意見収集が可能です。これにより自社に適合するかを判断でき、費用が無駄になるリスクを抑えられます。Webサイトや資料を見るだけでなく、製品を実際に試せるか担当者に問い合わせてみましょう。

おすすめの健康管理システム12選

おすすめの健康管理システムを12個ご紹介します。いずれも有料システムですが、無料でできることも含めて記載しています。一部ストレスチェックツール、組織改善ツールも含んでいます。

• ハピネスパートナーズ

• Be Health

• Carely

• FiNC for BUSINESS

• Well-Gate

• Growbase

• mediment

• HealthCore

• HM-neo

• すこやかサポート21

• ストレスチェッカー（ストレスチェックツール）

• ラフールサーベイ（組織改善ツール）

それぞれ詳しく説明します。

健康管理システム「ハピネスパートナーズ」資料をダウンロードする

ハピネスパートナーズ

ハピネスパートナーズは、エムスリーヘルスデザイン株式会社の健康管理システムであり、全従業員の健康データをクラウド上で一元管理が可能です。

サービスサイト：https://m3hd.co.jp/service/partner

健康管理システム「ハピネスパートナーズ」資料をダウンロードする

ご要望に合わせて自由にカスタマイズ

クラウドのメリットである初期費用の安さや運用・保守の手軽さがありながら、要望に合わせてシステムをカスタマイズできる点が特徴です。例えば、「現行フォーマットのまま移行したい」や「特殊業務歴を管理したい」、「閲覧権限を設定したい」など柔軟に対応可能です。

健康診断だけでなく、健康経営に向けたトータルサポート

医療DX業界大手エムスリーグループのエムスリーヘルスデザインだからこそ、健康診断だけでなく、産業医紹介や社外健康管理室、メンタルヘルスサービスなど、健康経営を包括的にサポートできます。多様化する事業者さまのニーズに合わせ、最適なソリューションをワンストップで提案できる点が特徴です。

専門スタッフによる安心の導入サポート

専門スタッフのサポートのもと、最短3ヶ月で導入が可能です。導入後も、専門スタッフによる安定運用に向けた使い方のレクチャーやご要望に応じたカスタマイズなどサポートが充実しています。

無料でできること

健康経営のための相談会を無料で提供しており、面談後ならば無料トライアルも実施しています。資料請求、お見積もり、導入相談も無料です。

健康管理システム「ハピネスパートナーズ」の資料をダウンロードする

Be Health

サービスサイト：https://www.behealth.jp/

健康管理にまつわる作業時間の大幅な削減、圧倒的な低価格、使いやすさの追及を主な特徴として挙げています。複数の健診機関から集まる結果を自動統一し、格納することで作業時間の削減を実現しています。他には長時間労働管理や労基報告書作成にも対応。柔軟なカスタマイズと低価格で400社超が導入しており、継続率は94.6%と高い水準です。

無料でできること

• 資料請求

• お問い合わせ

Carely（ケアリー）

サービスサイト：https://www.carely.jp/

Carelyは、システムの提供だけでなく、専門職（専門人材）による伴走支援に強みを持つ健康管理システムです 。健康情報を安全に一元管理するシステム機能に加え、企業の健康課題に対して専門家がサポートを行います。システム導入にとどまらず、産業医や保健師の配置など産業保健体制の強化や、具体的な人的介入を重視する企業におすすめです 。

無料でできること

•  資料請求

• お問い合わせ

FiNC for BUSINESS

サービスサイト：https://biz.finc.com/

従業員向けのスマートフォンアプリを活用し、日々の健康行動を促進させることに特化したシステムです。歩数、体重、食事、睡眠などをアプリでまとめて記録でき、健康行動に対してデジタルギフト券等と交換できる「FiNC マイル」が付与される仕組みがあります。従業員同士で参加できる健康プログラムも豊富で、従業員参加型の健康経営を推進したい企業に向いています。

無料でできること

•  資料請求

• お問い合わせ

Well-Gate

サービスサイト：https://www.healthcare-tech.co.jp/service/wellgate

休職リスクの早期発見と、ヘルスケアアプリとの連携による従業員の健康意識向上に強みを持つ健康管理システムです。健康診断やストレスチェック結果を一元化し、身体面および精神面での健康リスクを抱える従業員を「見える化」して早期に抽出します。さらにヘルスケアアプリ「HELPO」と連携することで、自身の状態にあったアドバイスを通じて、従業員の健康への意識を高めることができます 。

無料でできること

•  資料請求

• お問い合わせ

Growbase

サービスサイト：https://hss.wellcoms.jp/

健康診断、ストレスチェック、勤怠などのデータを一元化し、高ストレス者や長時間労働者の面談記録、産業医意見書、労基報告書も一元管理できます。一元化されたデータの分析によって健康課題を可視化できることが特徴。紙の業務をデジタル化することで最大80%の業務効率化を実現できます。1,700社以上の導入実績があり、継続率は99.8%と高い水準です。

無料でできること

• 資料請求

• お問い合わせ

mediment

サービスサイト：https://mediment.jp/

人事労務担当者の負担を軽減し、健康診断やストレスチェックの実施・結果管理、産業医面談の手配、労基署報告書作成といった煩雑な業務を効率化します。また、健診・ストレスチェック結果の可視化と高度なクロス分析により、健康経営の推進に寄与できるほか、多言語対応の従業員画面やオンライン産業医面談・医療通訳サービスで、外国人従業員の対応をスムーズに行えます。

無料でできること

• 資料請求

• お問い合わせ

• デモ

HealthCore

サービスサイト：https://healthcore.humanage.co.jp/

健康診断、ストレスチェック、長時間残業データ、産業医面談といった産業保健活動に必要な情報を一元管理できます。エンゲージメントサーベイが標準搭載されており、健康課題の可視化においても「カラダ」「ココロ」「エンゲージメント」の3つの観点が分析できることが特徴です。また高ストレスや過重労働など複数のリスク指標によって不調者を早期に発見できます。

無料でできること

• 資料請求

• お問い合わせ

HM-neo

サービスサイト：https://www.ntt-tx.co.jp/products/hm-neo/

1991年の提供開始以来、企業の産業保健における業務効率化を支援してきたシステムです。健康診断の結果やストレスチェックといった従業員の健康情報を一元的に管理することで、企業の健康経営を長期にわたりサポートしています。他には、健診結果のペーパーレス化や労基報告書に必要なレポート機能、産業医との面談調整の負荷軽減などによって健康管理スタッフの業務の効率化に貢献しています。セキュリティ面では、3つの国際標準規格とプライバシーマークを取得しています。

無料でできること

• 資料請求

• お問い合わせ

• デモ

• トライアル利用

すこやかサポート21

サービスサイト：https://www.intage-technosphere.co.jp/landing/kenkou/

株式会社インテージテクノスフィアが提供する「すこやかサポート21」は、多様な健康管理データをクラウド上で統合し、可視化するシステムです。

特徴

• 使いやすさ: 顧客視点に立ち、利用者の利便性を追求。

• 信頼性: 長年の実績に裏打ちされた、安全で安心な運用体制。

主なサービス・機能

• 健康診断: 一般健診の受診結果・進捗管理、面談指導

• 労務管理: 長時間労働者の問診、労務データ管理

• 特殊健康診断: 特殊検診結果、業務経歴管理

• 休職・復職支援: 面談指導、産業医意見書管理

• 運用支援

• データ化支援

利用料金

• 初期費用：150,000円～

• 月額費用：一人あたり300円～

無料でできること

• 資料請求

• お問い合わせ

• デモ

ストレスチェッカー

サービスサイト：https://stresschecker.jp/

株式会社HRデータラボのストレスチェッカーは、ストレスチェック制度に準拠した日本最大級の利用実績を持つストレスチェックツールです。

主なサービス・機能

• ストレスチェック実施画面の文言変更

• 未実施者への受検勧奨メール送信

• リアルタイムでの受検状況確認

• 医師面接希望取得フォーム

• リアルタイムでの面接希望者把握

オプション機能として、ストレスチェック後の医師面接（オンラインまたは対面）が可能です。

料金プラン

• 無料プラン：チェック項目57問、年500人未満

• 有料プラン：チェック項目充実、紙媒体での受講可能、年一回一人あたり250円から

無料でできること

• チェック項目57問・年500人未満であれば無料

• 資料請求

• お問い合わせ

ラフールサーベイ

サービスサイト：https://survey.lafool.jp/

株式会社ラフールが提供するラフールサーベイは、組織改善のためのツールです。組織の強みと課題を可視化し、取るべき対策を明確にします。

主な特徴は、組織の強みと課題の確実な発見、専門家による手厚い運用サポート、そして従業員の自律的な成長を促す豊富な機能です。

サービス・機能一覧

• 組織状態を把握する2種類のサーベイ

• 分析結果を分かりやすく表示するダッシュボード

• ポジティブ・ネガティブ両面のフィードバック

• サーベイ回答やセルフケアを促すコンテンツ

• 従業員のウェルビーイング向上

• エンゲージメント強化

オプションとして、産業カウンセラーによるフィードバックや各種研修も利用可能です。月額料金は16,000円からとなっています。

無料でできること

• 資料請求

• お問い合わせ

• デモ

健康管理システムの導入成功事例

健康管理システムの導入によって、実際にどのような成果が得られるのでしょうか。ここでは、エムスリーヘルスデザインが提供する健康管理システム「ハピネスパートナーズ」を導入し、課題解決に成功した2社の事例を1次情報としてご紹介します。

導入事例1：株式会社LIXILトーヨーサッシ商事様

〜 高度なセキュリティ基準をクリアし、安全なデータ管理基盤を構築 〜

• 業種： 商社・卸（建材・住宅設備機器等）

• 従業員数：～299名

• 導入の決め手： 高度なセキュリティ対策によるデータの安全性の確保

導入の背景と効果

株式会社LIXILトーヨーサッシ商事様は、木製建具全般やアルミ建材、住宅設備機器等の建材卸事業を幅広く展開している企業です。

健康管理システムの選定にあたっては、従業員の重要な健康情報（要配慮個人情報）を取り扱うため、システムの安全性が極めて重要な基準となりました。数あるシステムのなかでも、「高度なセキュリティ対策を備えており、データの安全性が確保されている点」が高く評価され、ハピネスパートナーズの導入に至っています。堅牢なセキュリティ基盤のもと、安心して健康データを管理できる環境が整えられています。

導入事例2：株式会社メニコン様

〜 紙管理からの脱却。複雑な「特殊業務歴」の一元管理と健康課題の可視化を実現 〜

• 業種： 製造業（コンタクトレンズメーカー）

• 従業員数： 1,000〜4,999名

• 導入の決め手： 特殊業務歴と必要な健康診断内容を紐づけて管理できる機能性

導入の背景と効果

国内有数のコンタクトレンズメーカーである株式会社メニコン様では、製造工程で化学物質を取り扱うため、一般的な定期健診に加えて「特殊健診」や「特殊業務歴」の管理が必須でした。しかし、従来はこれらを紙で管理していたため、結果の集計や有所見者の抽出に膨大な時間がかかっていました。

「従業員が健やかで働きやすい環境を作るためには、健康状態の見える化が必要」との強い思いから、特殊業務歴と健診結果をセットで管理できるハピネスパートナーズの導入を決断されました。導入後はアナログな紙管理から脱却し、システム内の分析ツールを活用することで、多角的な視点から従業員の健康課題を見える化することに成功しています。

2026年以降の健康経営・健康管理システムのトレンド

健康経営は、これまでの「普及拡大」から、「質の向上と社会への波及」という新たなフェーズへ移行しています。それに伴い、健康管理システムに求められる役割も単なる業務効率化から戦略的なデータ活用へと変化しています。2026年度に向けて押さえておきたいトレンドは以下の4つです。

成果の見える化とデータ駆動型アプローチ（KGI/KPIの重視）

これからの健康経営では、施策の実行だけでなく、それがどのように経営課題の解決に結びついているかという「成果の見える化」が必須要件化されています。そのため、健康管理システムには健康データを集約し、KGI（重要目標達成指標）やKPI（重要業績評価指標）に基づく分析を行う機能が強く求められています。

不調対応から「ポジティブな心の健康増進」へ

メンタルヘルス対策は、不調になった従業員に対する対症療法的なケアから、全従業員の心理的安全性やワーク・エンゲイジメントを高める「予防的かつポジティブなメンタルヘルスケア」へと質的な転換が求められています。この変化に対応し、組織全体の活力を可視化できるシステムが注目を集めています。

PHR（パーソナルヘルスレコード）の戦略的活用

従業員個人の健康データ（PHR）を収集するだけでなく、それを専門職（産業医や保健師）との面談や個別のアドバイスに直結させる仕組みが評価されるようになります。さらに、個人データを匿名加工して活用し、次年度以降の施策検討に繋げるPDCAサイクルを回せるシステムが重要視されています。

ライフデザイン経営とプレコンセプションケアの支援

従業員がキャリアと私生活を両立させ、充実した人生設計を実現できるよう企業が支援する「ライフデザイン経営」や、将来の健康を考えて健康管理を行う「プレコンセプションケア」が求められています。システムを通じて従業員のヘルスリテラシーを高める情報発信ができるかが問われています。

まとめ｜健康管理システムでデータを一元管理して健康経営を目指しましょう

健康管理システムは、健康データの一元管理による業務効率化と健康経営推進に貢献します。システム毎に機能が異なるため、自社の目的に合った選択が重要です。導入効果を最大化するには、実現したいこと、必要な機能とその優先度を明確にし、比較検討する必要があります。

また、健康管理システムの導入を検討する際は、ハピネスパートナーズの利用もご検討ください。ハピネスパートナーズは、ご要望に合わせたカスタマイズやグループアセットを活用した健康経営へのトータルサポートが特徴です。

健康管理システム「ハピネスパートナーズ」の資料をダウンロードする