【2026年最新】健康経営に強い健康管理システムおすすめ5選！

健康経営を成功に導く支援サービスを徹底解説

企業が持続的な成長を遂げるための経営基盤として、「健康経営」の重要性が叫ばれて久しい昨今、多くの企業で従業員の健康状態を把握・改善するための健康管理システムの導入が急速に進んでいます。しかし、いざ導入やリプレイスを検討する際、「どのシステムが自社に最適なのか」と悩む担当者は少なくありません。単なるデータ保管にとどまらず、真に健康経営の推進や業務効率化につながるツールの見極めが求められます。

本記事では、健康管理システムの基礎知識や健康経営との関連性、比較選定のポイントをわかりやすく解説します。

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健康管理システムとは？健康経営の推進に不可欠な理由  

健康管理システムの定義と導入目的

健康管理システムは、健診結果やストレスチェックなどの健康情報を安全な環境で一元管理する仕組みです。従来の紙やExcelによる管理では、煩雑な転記作業に加え、有所見者の抽出漏れや情報漏洩のリスクが課題でした。システム導入によりこれらの事務作業を大幅に効率化し、従業員の健康課題やメンタル不調のリスクを早期に把握できます。その結果、適切な保健指導や就業措置をスムーズに行う体制が整います。

企業成長と「健康経営優良法人」認定への影響 

健康経営とは、従業員の健康増進を単なる福利厚生ではなく、将来の収益性を高める「戦略的投資」と位置づけて計画的に実践することです。経済産業省が推進する優良法人認定等では、健診受診率の維持や特定保健指導、過重労働対策、ストレスチェック集団分析の活用が要件とされています。心身ともに健康に働ける環境を整えることで、傷病欠勤や不調による生産性低下（プレゼンティーズム）を防ぎ、組織全体の業績向上や離職防止、採用力の強化につながります。健康管理システムは、こうした健康経営の取り組み状況や要件達成度を一元的に可視化し、対外的な情報開示や認定取得を強力に後押しする不可欠なインフラとなっています。

健康管理システムが健康経営の推進を支える理由

健康経営を実効性のある取り組みにするには、組織の健康課題を正確に把握し、施策の立案から効果検証までPDCAサイクルを回すことが不可欠です。しかし、データの収集や集計業務に追われていては、本質的な改善施策に十分なリソースを割けません。健康管理システムは、社内に点在する健康情報を集約して分析可能な状態へと変え、部署や年代別の健康リスクを鮮明に可視化します。これにより、根拠に基づいた的確な健康増進施策の展開が可能になるだけでなく、産業保健職や人事が従業員の個別ケアに注力できる環境が整います。業務効率化とデータ活用の両面から施策を後押しする健康管理システムこそが、持続的な健康経営を支える強固な土台となります。

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健康管理システムの主要機能と導入メリット

健診結果・ストレスチェック・面談記録の一元管理

クラウド型健康管理システムは、健診結果やストレスチェック、勤怠などの健康情報を一元集約します。電子データはもちろん、紙の健診票も手動入力なしでデータ化して集約されるため、手入力の手間なく経年変化のグラフ化が可能です。これらを同一画面上で重ねて確認することにより、長時間労働と健康状態の悪化が重複するハイリスク者を瞬時に抽出し、早期の適切なアプローチへとつなげられます。さらに、標準的なストレスチェックや面談記録をワンストップで連携させ、高ストレス者の発見からフォローまでの対応フローを円滑化します。

人事労務と産業保健スタッフの業務効率化・コスト削減

健康管理システムの導入によって得られる最も直接的なメリットは、業務効率化による大幅な工数・コスト削減です。

具体的には、以下のような作業が自動化・効率化されます：

• 労働基準監督署への定期健康診断結果報告書・ストレスチェック報告書の自動集計・出力
• 有所見者や面談対象者に対する一括メール配信や受診勧奨通知の自動送信
• 産業医面談のWeb予約受付とオンライン面談システムのシームレスな連携
• 紙の保管・郵送にかかっていた印刷費、郵送代、倉庫保管費用の大幅な削減

これまで何週間も費やしていた定期健診後の集計・報告書作成業務が数クリックで完結し、人事労務担当者の残業削減や作業ミスの低減につながります。

従業員の健康状態を可視化し生産性を向上

蓄積された健康データを分析して部署や年代別の課題を可視化することで、生活習慣病予防セミナーの開催や運動習慣定着キャンペーン、職場環境の改善といった自社の実態に即した健康施策を的確に展開できます。

また、従業員自身もスマートフォン等で過去の検査推移や専門職のアドバイスを手軽に確認できるため、主体的なセルフケアが促されます。組織的なアプローチと個人の意識変容が連動することで、心身の不調に伴う生産性低下（プレゼンティーズム）の改善を図り、企業全体の生産性向上を後押しします。

法令に基づく要配慮個人情報の保護とセキュリティ対策

要配慮個人情報である健診やストレスチェックの結果は、法令に基づく厳格な管理が義務付けられています。健康管理システム「ハピネスパートナーズ」なら、専門職や人事などの役職に応じた多段階の閲覧制限が可能です。さらに、ISMS（ISO/IEC 27001）といったセキュリティの国際認証を取得した強固なクラウド基盤やアクセスログ管理により、情報漏洩を防ぎます。

また、労働安全衛生法で定められた5年間の法定保存期間や、特殊健康診断結果の最長30年〜40年に及ぶ長期保存要件にも柔軟に対応できます。

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健康管理システム導入時に活用できる補助金・助成金

健康管理システムのメリットを理解していても、「システムの導入や運用には費用がかかる」という点がネックとなり、一歩を踏み出せない企業は少なくありません。しかし、国や自治体が提供する公的補助金や助成金を活用することで、初期費用や利用料などのコスト負担を大幅に抑えることが可能です。費用面のハードルを下げ、健康経営への投資を後押ししてくれる代表的な3つの制度を紹介します。

デジタル化・AI導入補助金（サービス等生産性向上IT導入支援事業）

中小企業・小規模事業者が業務効率化のためにクラウド型健康管理システム（SaaS）を導入する際、初期費用や月額利用料の一部が補助される制度です。登録されたIT導入支援事業者のITツールを選ぶことが申請要件となります。

業務改善助成金

事業場内の最低賃金を一定額以上引き上げるとともに、生産性向上のための設備投資（健康管理システムの導入による労務管理の効率化など）を行った場合に、かかった費用の一部が助成されます。

メンタルヘルス対策に関わる各種助成金

独立行政法人労働者健康安全機構などが管轄する各種助成事業において、健康管理体制の整備に付随する助成制度が公募されるケースがあります。

各補助金は年度ごとに募集時期や対象要件、公募要領が変更されるため、システムベンダーに申請サポートの対応実績があるか事前に問い合わせて確認することをおすすめします。

失敗しない健康管理システムの選び方と3つのポイント

市場には多数の健康管理システムが存在しており、それぞれ特徴や得意領域が異なります。自社にとって真に費用対効果の高いシステムを選定するために、確認しておくべき3つのポイントを解説します。

自社の企業規模（従業員数・拠点数）に応じた機能要件

健康管理システムは、自社の従業員規模や拠点展開に合わせた機能要件の見極めが不可欠です。

• 50名未満の小規模組織：健康経営優良法人の取得や健診管理の省力化に向け、安価で初期設定が容易なパッケージ型クラウドが適しています。
• 50〜1,000名の中規模組織：安全衛生委員会の設置・運営や産業医選任、ストレスチェックの実施が義務化（集団分析は努力義務）されるため、複数拠点を一元管理し、受診勧奨や面談指導を標準化できる仕組みが求められます。
• 1,000名以上の大手・グループ企業：拠点ごとの産業医連携や特殊健診の管理、グループ横断の権限統制、外部の人事基幹システムとのAPI連携に対応できる、柔軟なカスタマイズ性と堅牢なセキュリティを備えたシステムが必要です。

産業医・保健師・従業員がストレスなく使えるユーザビリティ・操作性

高機能なシステムでも、現場が使いこなせなければ形骸化します。日々の面談や記録を行う産業医・保健師にとって、画面の見やすさや直感的なカルテ入力、過去履歴の素早い検索性は実務効率に直結します。また、従業員にとってもスマートフォンから問診回答や面談予約が手軽に行える操作性は欠かせません。デモ操作や無料トライアルを活用し、実際の利用者の声を事前に吸い上げて検証することが導入成功の鍵となります。

健診代行やEAPなど外部支援サービスとの連携性・拡張性

健康管理システムは、単にデータを入れておくだけの「箱」ではありません。システムに蓄積されたデータを基に、どのように従業員の健康リスクを低減させ、健康増進施策へ結びつけるかが本質的な提供価値です。

自社に専任の保健師がいない場合や、健診の手配業務に十分な人手を割けないケースは少なくありません。そのため、システム単体に加え「健診代行」「特定保健指導」「EAP」といった専門職の実動サポートとスムーズに連携できる事業者を選ぶことが極めて重要です。

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システム導入を成功に導く鍵は「専門職支援との統合」 

前述した3つのポイントを踏まえて最適なシステムを選定することは大切ですが、導入効果を最大限に引き出すには、単なるデータ管理にとどめず、健診代行やストレスチェック、EAPなどの「専門職支援」を有機的につなぐ仕組みづくりが鍵となります。

クラウド上で健康情報を一元化し、報告書作成や受診勧奨を自動化しつつ、健診の手配や請求処理を代行サービスに委託すれば、人事労務の負担は大幅に軽減されます。さらに、ストレスチェックで見えたメンタル不調リスクに対して、心理職等によるEAP相談や復職支援へ速やかにつなぐことで、一次から三次予防までを網羅する体制が整います。

システムによるデータ基盤と専門職の実動支援を組み合わせることで、早期発見から改善までを滞りなく進める強固な健康経営を実現できます。

健康経営を実現する人気の健康管理システム比較5選

ここからは、現在多くの企業で導入されている代表的な健康管理システム5製品を厳選し、それぞれの特徴や強みを比較・紹介します。

ハピネスパートナーズ（エムスリーヘルスデザイン株式会社）｜専門職連携と伴走支援が強み

エムスリーヘルスデザイン株式会社が提供する「ハピネスパートナーズ」は、最先端のクラウドシステムと、産業医・保健師等の専門職による実動支援をシームレスに融合させたトータル健康経営ソリューションです。

• 特徴・メリット：健康情報の一元管理に加え、医療ネットワークを活かした健診代行・特定保健指導・EAPまでワンストップで連携。専任コンサルタントや専門職が伴走し、システム導入後の実務や施策推進の停滞を解消します。
• 価格・料金体系：企業の規模や受託範囲（システム利用＋専門職支援）に応じた柔軟なプラン設計（詳細資料のダウンロードや個別相談が可能）。
• おすすめの対象：システムによる業務効率化と同時に、実効性のある健康経営優良法人認定対策や従業員の健康増進を行いたいすべての企業。

Carely（株式会社iCARE）｜産業保健業務のデジタル化と自動化に強み

株式会社iCAREが提供する「Carely（ケアリー）」は、健康診断、ストレスチェック、過重労働対策、産業医面談などの健康管理業務をクラウド上で一元化する代表的な健康管理システムです。

• 特徴・メリット：直感的で洗練されたUI/UXを誇り、専門職や人事担当者の事務作業を大幅に削減します。健診結果の判定基準設定や、法定提出書類の自動作成機能が充実しており、未受診者への自動リマインド通知も可能です。
• 価格・料金体系：初期費用＋従業員1名あたりの月額課金制（要問い合わせ）。
• おすすめの対象：産業保健業務のオペレーションをクラウド化し、工数削減とペーパーレス化を一気に推進したい中小〜大手企業。

HealthCore（株式会社ヒューマネージ）｜エンゲージメント・労務統合分析

株式会社ヒューマネージが提供する「HealthCore」は、従業員の健康データとサーベイデータを掛け合わせ、エンゲージメントや生産性の向上を目指すシステムです。

• 特徴・メリット：ストレスチェックや健診データに加え、プレゼンティーズムやエンゲージメント指標を統合分析できる点が強み。科学的根拠に基づき組織の健康度を多角的に把握したい企業に最適です。
• 価格・料金体系：利用プランやオプション機能に応じた個別見積もり。
• おすすめの対象：単なる健康管理にとどまらず、人的資本経営や組織開発の観点から健康投資の効果を可視化したい企業。

Be Health（株式会社エヌ・エイ・シー・ケア）｜中小企業でも導入しやすい使いやすさと低コスト運用が強み

株式会社エヌ・エイ・シー・ケアが提供する「Be Health（ビーヘルス）」は、専任の産業保健職やIT担当者がいない中小企業でも無理なく導入・定着できるよう設計されたクラウド型健康管理システムです。

• 特徴・メリット：直感的な操作画面で、ITに不慣れな担当者も迷わず運用可能。健診データの電子化や有所見者の抽出など必要なコア機能に絞り込み、低コストとシンプルな操作性で業務効率化とペーパーレス化を両立します。
• 価格・料金体系：中小企業でも導入しやすいリーズナブルな価格設定（利用人数に応じた月額プラン、詳細は要問い合わせ）。
• おすすめの対象：導入・運用コストを抑えつつ紙やExcel管理から脱却したい中小企業や、限られた人員で健診管理を効率化したい企業。

HM-neo（NTTテクノクロス株式会社）｜柔軟なカスタマイズと高度なセキュリティ

NTTテクノクロス株式会社が手掛ける「HM-neo」は、長年の産業保健分野での知見を結集した高機能な健康管理システムです。

• 特徴・メリット：強固なセキュリティを基盤に、個別企業の業務フローに合わせたカスタマイズや専用環境の構築に柔軟対応。産業保健スタッフ向けの専門カルテ管理や問診項目の詳細設定にも優れています。
• 価格・料金体系：要件定義に応じた個別見積もり。
• おすすめの対象：自社独自の産業保健規定や高度なセキュリティポリシーが存在し、汎用SaaSでは対応が難しい企業。

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エムスリーヘルスデザインが提供するトータル健康経営支援サービス

健康管理システムを選定する際、最も留意すべきは「システム導入は手段であり、目的は従業員の健康保持と企業価値の向上である」という点です。システム単体でのデータ管理にとどまらず、自社の課題や組織規模に合わせて必要なオプションや専門職支援サービスを柔軟に追加することで、より実効性の高い充実した健康経営施策を展開できます。エムスリーヘルスデザイン株式会社では、人事労務担当者の負担を根本から軽減し、真に成果の出る健康経営を実現するための包括的なサービス群を提供しています。

クラウド型健康管理システム「ハピネスパートナーズ」

「ハピネスパートナーズ」は、使いやすさを追求したクラウド型健康管理システムです。健診結果の取り込み・一元管理から、労働基準監督署への報告書作成、産業医・保健師面談のスケジュール調整・カルテ記録までを直感的な操作で完結させます。企業の健診項目に合わせた柔軟なカスタマイズが可能であり、従業員数数十名規模の企業から数万名規模のホールディングス企業まで、規模を問わず最適な運用を実現します。

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職場のストレスチェック+plus

法令で義務付けられたストレスチェックをオンライン上でスムーズに実施できるだけでなく、厚生労働省が推奨する調査票（職業性ストレス簡易調査票など）に則った受検に標準対応したサービスです。さらに、独自のリスク判定モデルや組織診断レポートを搭載しており、従業員のストレス状況を把握する調査結果や集団分析データは、部署別・職種別にわかりやすく画面上に表示されます。職場の環境改善に向けた具体的な施策提案やアドバイスまでを専門職が手厚くサポート。従業員はスマートフォンやPCから短時間でストレスチェックを受けられるため、受検率の向上につながります。

EAP（従業員支援プログラム）サービス

従業員が抱えるメンタルヘルスの不調、職場の人間関係、キャリアの悩み、私生活の不安などに24時間対応を含む多角的な体制で寄り添う外部相談窓口サービスです。公認心理師や臨床心理士などの資格を持つ専門カウンセラーが相談対応にあたり、不調の早期把握と重症化リスクの低減をサポートします。休職に至るリスクを抑制するとともに、休職から復職に至るまでのリワーク支援プロセスも手厚くサポートし、組織のエンゲージメント向上に寄与します。

健診代行サービス・特定保健指導サービス

全国の提携医療機関ネットワークを活用し、従業員の健診予約手配、受診状況の確認、医療機関ごとのバラバラな請求書の取りまとめ・一括精算、受診勧奨などを代行するサービスです。さらに、健診後の特定保健指導についても、熟練した保健師や管理栄養士がオンラインや対面で個別指導を徹底実施し、生活習慣病予備軍の改善率向上をサポートします。

これら複数のサービスを有機的に組み合わせることで、人事労務担当者は煩雑な手作業の負担から大きく解放され、本質的な健康経営施策の企画や社員のケアに専念できるようになります。

基盤となるハピネスパートナーズでデータを一元管理し、健診代行サービスによって手配事務を省力化します。さらに、組織の不調リスクを可視化する職場のストレスチェック+plusと専門心理職によるEAPサービスを組み合わせることで、業務効率化と従業員の健康確保を高い次元で両立できます。こうしたシステムと専門職支援の緊密な連携こそが、高ストレス者等への対応漏れを低減し、健康経営を盤石にする大きな推進力となります。

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まとめ｜自社に最適なシステムと専門職支援で持続可能な健康経営を

健康管理システムは、法改正や社会的な要請への対応はもちろん、激しさを増す人材獲得競争のなかで従業員のウェルビーイング（Well-being）を実現し、企業の持続的成長を力強く支える基盤となります。

システム単体の機能や月額費用、初期費用の安さだけで安易に選んでしまうと、「データの取り込み作業が大変で挫折した」「産業医が使いこなせず、結局Excel管理に戻ってしまった」といった失敗に陥りがちです。選定にあたっては、自社の組織規模や抱えている実務課題を明確にし、現場の専門職が使いやすい操作性を備えているか、そして導入後のフォローアップや実動代行までを包括的に支援してくれるパートナーであるかを総合的に見極めることが大切です。システム機能にとどまらず健診代行やEAPなどの外部支援まで一括で整えるアプローチは、課題の多い現場にとって実効性の高い手段となります。

自社の健康管理業務を根本から効率化し、実効性の高い健康経営を推進したいとお考えの担当者様は、ぜひ「ハピネスパートナーズ」をはじめとするエムスリーヘルスデザインの健康経営支援サービスの詳細資料をダウンロードいただき、自社に最適な運用の第一歩を踏み出してみてはいかがでしょうか。

参考文献

e-GOV法令検索「労働安全衛生法（昭和四十七年法律第五十七号）」

デジタル化・AI導入補助金2026「デジタル化・AI導入補助金をお申込みされる中小企業・小規模事業者等のみなさま」

厚生労働省「令和8年度業務改善助成金のご案内」

独立行政法人労働者健康安全機構「助成金」

厚生労働省「団体経由産業保健活動推進助成金のご案内」

個人情報保護委員会「「要配慮個人情報」とはどのようなものを指しますか。また「要配慮個人情報」にかかる留意点は何でしょうか。」

経済産業省「健康経営優良法人認定制度」

ACTION!健康経営

株式会社エヌ・エイ・シー・ケア「Be health」

株式会社iCARE「Carely」

株式会社ヒューマネージ「Health Core」

NTTテクノクロス株式会社「HM-neo」