公開日：

2026/07/01

更新日：

2026/07/01

健康管理システムの導入は補助金で！対象となる助成金と選び方を解説

健康管理システムの基本とその重要性

「健康管理の必要性はわかっている。でも、予算が限られている」

「紙やExcelでの管理に限界を感じているが、システム導入まで踏み切れない」

このような悩みを抱えている人事・労務・総務部門の担当者や管理職は少なくありません。

健康診断、ストレスチェック、長時間労働者への対応、産業医面談の記録など、企業に求められる健康管理業務は多岐にわたります。従業員数が増えるほど、手作業での管理には限界が生じやすくなります。

健康管理システムは、こうした業務を効率化し、従業員の健康状態を把握しやすくするための有効な手段です。ただし、導入にはコストがかかるため、社内での説明や稟議に悩むケースもあります。

そこで検討したいのが、補助金の活用です。条件に合えば、健康管理システムなどのITツール導入にかかる費用負担を軽減できる可能性があります。

この記事では、健康管理システムを導入するメリットと、補助金を活用する際に押さえておきたいポイントを解説します。

関連サービス：健康管理システム「ハピネスパートナーズ」の詳細を見る

健康管理システムとは？必要とされる理由

健康管理システムとは、企業や職場が従業員の健康情報を一元管理し、健康診断やストレスチェック、産業医面談、就業判定、保健指導などを効率的に行うためのITシステムです。

従来、従業員の健康情報は紙の書類やExcelで管理されることが多く、担当者の手作業による入力・確認・集計に多くの時間がかかっていました。健康管理システムを導入することで、こうした煩雑な管理業務を効率化でき、人件費や作業負担の削減につながる可能性があります。

また、健康管理システムでは、健康診断の結果をもとに健康障害のリスクが高い従業員のデータを抽出したり、ストレスチェックで高ストレス者と判定された従業員の面談記録を管理したりすることができます。サービスによっては、健康データと勤怠管理データを連携させ、長時間労働や休職リスクの把握に役立てることも可能です。

従業員の健康に関するデータを一元管理できるようになると、産業医や保健師が必要な情報を確認しやすくなります。その結果、面談前の事前準備がスムーズになり、従業員一人ひとりの状況に応じた適切な介入やサポートを行いやすくなります。

さらに、健康管理システムの導入をはじめとした会社全体の健康増進は、企業イメージにも直結します。

健康管理システムは、単に従業員の健康情報を管理するためのツールではありません。従業員の健康増進を支援し、企業の健康経営を推進するための重要なシステムといえるでしょう。

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補助金制度の概要と活用方法

健康管理システムの導入は、企業にとって多くのメリットがあります。従業員の健康状態を把握しやすくなり、疾病予防やメンタルヘルス対策、離職防止、生産性向上にもつながるためです。

一方で、導入や運用には一定の費用がかかります。どれほど有効なシステムであっても、費用負担が大きすぎると継続的な運用が難しくなり、本来の目的を果たせなくなる可能性があります。

そこで活用を検討したいのが、国や自治体による補助金制度です。

近年、日本では労働人口の減少が大きな社会課題となっています。企業にとっては、従業員一人ひとりの健康を守り、長く働き続けられる環境を整えることが、ますます重要になっている背景から、一定の条件を満たす企業に対して、健康増進や職場環境の改善につながる取り組みを支援する補助金が用意されている場合があります。

2026年6月現在で活用できる可能性のある補助金制度について、順に見ていきましょう。

デジタル化・AI導入補助金

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業・小規模事業者等が、業務効率化や労働生産性の向上を目的としてITツールやクラウドサービスを導入する際に、費用の一部が補助される場合がある国の制度です。

旧「IT導入補助金」にあたる制度で、2026年度からは「デジタル化・AI導入補助金」という名称で実施されています。AIを含むITツールの導入を支援する制度であり、ソフトウェア、クラウドサービス、セキュリティサービス、インボイス対応ツールなど、目的に応じた複数の申請枠が用意されています。

受給の要件

デジタル化・AI導入補助金を受給するには、主に次の要件を満たす必要があります。

まず、申請者が中小企業・小規模事業者等に該当することが前提です。大企業は原則として対象外となり、業種や資本金、従業員数などにより対象可否が判断されます。

また、導入するITツールやサービスは、補助金の対象として登録されている必要があります。申請者が自由に任意のシステムを購入して補助を受けられるわけではなく、事務局に登録されたIT導入支援事業者やITツールを通じて申請する仕組みです。

主な申請枠

デジタル化・AI導入補助金には、目的に応じて複数の申請枠があります。

代表的なものが「通常枠」です。通常枠は、業務効率化や生産性向上を目的として、ソフトウェアやクラウドサービスなどを導入する場合に活用される枠です。

対象経費には、ソフトウェア購入費、クラウド利用料、機能拡張、データ連携ツール、セキュリティ対策、導入コンサルティング、導入設定、保守サポートなどが含まれる場合があります。

また、サイバー攻撃への備えを強化するための「セキュリティ対策推進枠」もあります。この枠では、サイバーセキュリティ対策に関するサービスの導入費用が補助対象となります。

さらに、インボイス制度への対応を目的とした「インボイス枠」も用意されています。会計ソフト、受発注ソフト、決済ソフト、PCやハードウェアなどの導入を支援する枠です。

健康管理システムは対象になるのか

健康管理システムを導入する場合でも、補助金の対象となる可能性があります。

ポイントは、そのシステムが補助対象のITツールとして登録されているかどうかです。たとえば、健康管理システムが「総務」「人事」「給与」「教育訓練」「法務」「情報システム」「統合業務」などの業務プロセスに関わるITツールとして登録されていれば、通常枠などで申請できる可能性があります。

特に、従業員の健康情報の管理、ストレスチェック、勤怠・労務管理との連携、産業医面談の記録、健康診断データの一元管理などにより、社内業務の効率化や管理精度の向上につながる場合は、補助金の趣旨に合致しやすいと考えられます。

参考：中小企業庁「デジタル化・AI導入補助金」https://it-shien.smrj.go.jp/

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働き方改革推進支援助成金

働き方改革推進支援助成金は、中小企業・小規模事業者等が、労働時間の削減や年次有給休暇の取得促進、勤務間インターバル制度の導入などに取り組む際に、その費用の一部を助成する制度です。

単に設備やシステムを導入するだけでなく、「働き方改革につながる職場環境の整備」を目的としている点が特徴です。たとえば、勤怠管理システムの導入、労務管理ソフトの導入、外部専門家によるコンサルティング、就業規則の見直し、労働能率を高める設備・機器の導入などが対象となる可能性があります。

受給の基本要件

働き方改革推進支援助成金を受給するには、まず申請者が中小企業事業主等に該当する必要があります。大企業は原則として対象外であり、業種ごとに定められた資本金や従業員数の基準により対象可否が判断されます。

次に、労働時間の削減、年次有給休暇の取得促進、勤務間インターバル制度の導入、賃金引上げなど働き方改革に関する具体的な取組を行うことが必要です。

また、助成金の対象となる取組は、交付決定後に実施することが原則です。交付決定前に契約・発注・購入・支払いなどを行ったものは、助成対象外となる可能性があるため注意が必要です。

健康管理システムは対象になるのか

健康管理システムについても、働き方改革推進支援助成金の対象となる可能性があります。

たとえば、従業員の労働時間、休息時間、健康状態、面談記録、ストレスチェック、健康診断結果などを一元管理し、長時間労働の防止や勤務間インターバル制度の運用、年次有給休暇の取得促進、過重労働対策に役立つシステムであれば、制度の趣旨に合致する可能性があります。

特に、健康管理システムの導入によって、管理業務の効率化、従業員の健康リスクの早期把握、産業医面談の適切な管理、長時間労働者への対応強化などが実現できる場合は、働き方改革に資する取組として説明しやすくなります。

ただし、健康管理システムであれば必ず助成対象になるわけではありません。対象となるかどうかは、申請するコース、導入目的、システムの機能、労働時間削減や労務管理改善との関連性、見積内容、実施計画などによって判断されます。

労働時間の削減や年休取得促進が主な目的であれば「労働時間短縮・年休促進支援コース」、休息時間の確保が目的であれば「勤務間インターバル導入コース」、建設業・運送業・病院等など特定業種の課題解決であれば「業種別課題対応コース」を候補に申請を進め、働き方改革にどのように役立つのかを明確にすることが重要です。

参考：厚生労働省「労働時間等の設定の改善」https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudoukijun/jikan/index.html

地方自治体による補助金

地方自治体による補助金は、都道府県や市区町村が、地域内の中小企業・小規模事業者等を支援するために実施している制度です。

国の補助金が全国共通の制度であるのに対し、地方自治体の補助金は、自治体ごとに制度内容が異なります。対象となる事業者、補助対象経費、補助率、補助上限額、募集期間、申請方法などが地域によって変わるため、自社の所在地を管轄する自治体の制度を確認することが重要です。

受給の基本要件

地方自治体の補助金を受給するには、まず、申請者がその自治体の対象事業者に該当する必要があります。

多くの場合、対象となるのは、自治体内に本店、支店、事業所、店舗、工場などを有する中小企業・小規模事業者、個人事業主、創業予定者などです。自治体によっては、法人登記の所在地、事業実態、納税状況、営業年数などが要件に含まれる場合があります。

次に、補助金の目的に合った取組であることが必要です。たとえば、デジタル化、DX推進、業務効率化、生産性向上、人手不足対策、働き方改革、テレワーク導入、販路開拓、設備投資、省エネ対策など、自治体ごとに支援目的が定められています。

健康管理システムの導入を検討する場合は、そのシステムが「業務効率化」「労務管理の改善」「働き方改革」「従業員の健康管理」「生産性向上」など、補助金の目的に合致しているかを確認する必要があります。

健康管理システムは対象になるのか

健康管理システムも、地方自治体の補助金の対象となる可能性があります。

たとえば、従業員の健康診断結果、ストレスチェック、長時間労働者の把握、産業医面談記録、休職・復職情報、健康リスクの管理などを一元化するシステムであれば、労務管理の効率化や働き方改革、健康経営の推進に役立つものとして説明できます。

また、勤怠管理システムや人事労務システムと連携し、長時間労働者の抽出、面談対象者の管理、健康診断の未受診者管理、産業保健業務の効率化などにつながる場合は、業務効率化や生産性向上の観点から補助対象として検討しやすくなります。

ただし、健康管理システムであれば必ず補助対象になるわけではありません。自治体の補助金では、制度ごとに対象経費が細かく定められており、クラウド利用料は対象になる一方で、パソコンやタブレットなどの汎用機器は対象外とされる場合もあります。

そのため、導入予定のシステムが対象経費に含まれるか、月額利用料や初期費用が対象になるか、保守費用やサポート費用が対象になるかを、公募要領で確認することが重要です。

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健康管理システムを選ぶなら「ハピネスパートナーズ」

補助金の活用を見据えてシステムを選ぶ際は、「本当に自社の業務効率化に直結するか」が重要になります。エムスリーヘルスデザインが提供する「ハピネスパートナーズ」は、まさに紙やExcelでの煩雑な管理から脱却し、産業保健業務を大幅に効率化できるシステムです。

健康管理システム選定のポイントを、ハピネスパートナーズのおすすめポイントをご紹介しながら説明します。

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安心して利用できるセキュリティ体制

企業にとって管理負担のより少ないクラウド型の健康管理システムにとって、最も重要視すべきはセキュリティです。

ハピネスパートナーズは、情報セキュリティに関する国際規格である「ISO27001」と、クラウドサービスに関する「ISO27017」の認証を取得しています。

従業員の健診結果や労務情報など、機微な個人情報を扱う健康管理システムだからこそ、セキュリティ面の信頼性は欠かせません。

産業保健の現場に寄り添ったシステム設計

健康管理システムはただ「従業員の健康情報を一元管理する」だけでなく、そのデータを活かしてこそ会社全体の健康増進に繋がります。

ハピネスパートナーズは、医療・産業保健領域に強みを持つエムスリーグループの知見を活かし、産業医や保健師、人事労務担当者が使いやすいよう設計されています。

単なるデータ管理にとどまらず、産業保健の実務フローを踏まえた機能を備えているため、健康診断後の事後措置や面談調整、情報共有までをスムーズに進めやすくなります。

紙・Excel管理からの脱却で、事務負担を大幅に軽減

健康診断結果の転記、対象者の抽出、産業医判定の依頼、面談調整など、産業保健業務には煩雑な作業が多く発生します。

従来の紙やExcel中心の管理からハピネスパートナーズに移行することで、担当者の作業負担を大きく削減できます。事務負担は最大87％の工数削減が見込めるとされており、限られた人員でも効率的な健康管理体制を構築しやすくなります。

役割に応じた権限設定で、適切な情報共有を実現

健康情報は慎重な取り扱いが求められる一方で、産業医・保健師・人事担当者など、複数の関係者が連携する必要があります。

ハピネスパートナーズでは、担当者ごとに閲覧・操作できる範囲を設定できるため、必要な人に必要な情報を届けながら、情報管理の安全性も確保できます。

産業医面談の質と効率を高める

産業医が訪問前に従業員の健診結果や健康状態を確認できるため、面談前の準備がしやすくなります。

限られた面談時間の中でも、確認すべきポイントを事前に整理できるため、より的確な助言やフォローにつなげやすい点もメリットです。

健康課題を見える化し、早期対応につなげる

健診結果に基づく課題分析レポートにより、従業員全体の健康傾向やリスクを把握しやすくなります。

個人の健康管理だけでなく、組織全体の課題を可視化できるため、生活習慣病予防、重症化予防、職場環境改善など、健康経営の施策にも活用しやすいのが特徴です。

メンタル・フィジカルの両面から従業員をサポート

「職場のストレスチェック+plus」と連携することで、身体面だけでなくメンタルヘルスのリスクも一元的に把握しやすくなります。さらにエムスリーヘルスデザインでは、専門家が対応するEAP（従業員支援プログラム）サービスも提供しており、従業員やそのご家族は回数無制限で相談窓口を利用することが可能です。システムからストレスチェック、さらには個別ケアまでをワンストップで任せられるため、複数ベンダーを管理する人事の負担軽減にもつながります。