健康診断の勘定科目は福利厚生費？人間ドックや再検査の仕訳も解説

健康診断の勘定項目はどうするべき？

経理担当者や総務・人事担当者の中には、健康診断の請求書を前にして、

「福利厚生費でよいのか」

「従業員ごとに扱いが変わるのか」

「再検査やオプション検査も同じ科目で処理できるのか」

と迷っている方も多いのではないでしょうか。

健康診断にかかる費用は、一般的には「福利厚生費」として処理されます。しかし、会社が負担する範囲や受診対象者、検査内容によっては、給与や立替金など別の扱いを検討しなければならないケースもあります。処理方法を誤ると、税務上の指摘につながる可能性があるだけでなく、従業員への案内や費用精算が煩雑になることもあります。

本記事では、健康診断費用に用いる勘定科目の基本的な考え方をはじめ、再検査・人間ドック・オプション検査などケース別の処理方法、仕訳例、実務で注意したいポイントをわかりやすく解説します。

また、従業員数が増えるほど負担になりやすい、健診機関の予約調整、受診状況の確認、請求処理、結果データの管理を効率化する方法についても紹介します。健康診断に関する経理処理だけでなく、健診業務全体を見直したい方は、ぜひ参考にしてください。

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健康診断費用の勘定科目は「福利厚生費」が基本

会社が従業員の健康管理を目的として負担する健康診断費用は、一般的に「福利厚生費」の勘定科目で処理します。

事業者には、常時使用する労働者に対して、原則として1年以内ごとに1回、定期健康診断を実施することが義務付けられています。法令に基づいて会社が実施する健康診断は、従業員の健康維持や職場の安全衛生管理を目的とする費用であるため、福利厚生費として処理するのが一般的です。

たとえば、健康診断の費用として会社が健診機関に10万円を支払った場合は、次のように仕訳します。

• 借方：福利厚生費　100,000円
• 貸方：普通預金　100,000円

参考：厚生労働省「健康診断Q＆A」https://jsite.mhlw.go.jp/okinawa-roudoukyoku/var/rev0/0110/7882/2013719142037.pdf

健康診断費用を福利厚生費にするための主な条件

会社が負担する健康診断費用を福利厚生費として扱うには、従業員の健康管理を目的とした制度として実施されていることが重要です。

特に、次の点を確認しておきましょう。

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対象となる従業員に公平な受診機会がある

一部の役員や特定の従業員だけを対象とするのではなく、一定の条件を満たす従業員が公平に受診できる制度であることが求められます。

たとえば、「35歳以上の希望者」「正社員および一定の条件を満たす契約社員」など、合理的な基準に基づいて対象者を定めることは可能です。

国税庁も、一定年齢以上の希望者がすべて受診でき、実際に受診した人の費用を会社が負担する人間ドックについては、給与として課税する必要はないとしています。一方で、役員や特定の地位にある人だけを対象とする場合には、給与課税の問題が生じる可能性があります。

健康管理のために通常必要な範囲である

一般的な定期健康診断や、年齢・業務内容に応じて会社が設定した検査であれば、福利厚生費として処理しやすいと考えられます。

一方、著しく高額な検査や、健康管理との関係が薄いサービスまで会社が負担すると、福利厚生費として認められない可能性があります。

人間ドックやオプション検査を会社負担にする場合は、次のようなルールを社内規程に定めておくとよいでしょう。

• 対象となる年齢や雇用区分
• 会社が負担する上限額
• 対象となる検査項目
• 指定する健診機関
• 申請や精算の方法

原則として会社が健診機関へ直接支払う

健診機関から会社宛てに請求書を発行してもらい、会社が直接支払う方法が、最も管理しやすい形です。

従業員がいったん立て替える場合でも、領収書や受診内容を確認し、社内規程に基づいて精算する必要があります。

健康診断費用に相当する金額を、受診の有無にかかわらず一律に現金で支給すると、福利厚生ではなく給与として扱われる可能性があります。福利厚生制度では、現金の支給ではなく、健康診断というサービスや費用補助として提供することが重要です。

ケース別に見る健康診断費用の勘定科目

健康診断といっても、法定健診、人間ドック、再検査、オプション検査など、内容はさまざまです。

ここからは、実務で迷いやすいケースごとに、勘定科目の考え方を解説します。

法定の定期健康診断

労働安全衛生法に基づいて実施する定期健康診断は、原則として福利厚生費で処理します。

健康診断の実施は事業者の義務であり、その費用は事業者が負担すべきものとされています。

• 借方：福利厚生費　500,000円
• 貸方：普通預金　500,000円

健診機関への支払いだけでなく、巡回健診の実施費用や健診会場の設営にかかった費用なども、健康診断の実施に直接必要なものであれば、福利厚生費として処理することが考えられます。

特に多拠点展開をしている企業様において、受診率の向上と移動時間の削減を両立させる有効な手段が、エムスリーヘルスデザインが提供する「巡回健診」です。医療チームが貴社のオフィスや工場を直接訪問するため、従業員は勤務時間内のわずかな時間で受診が完了します。各従業員が個別に予約して移動する手間を省けるだけでなく、人事・労務側でも予約状況の確認やバラバラに届く請求書の処理といった管理コストを大幅に削減することが期待できます。

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雇入れ時の健康診断

従業員を雇い入れる際に会社が実施する健康診断についても、通常は福利厚生費として処理します。

採用活動の段階ではなく、入社が決定した従業員に対して、雇入れ時の健康診断として会社が実施・負担する費用であれば、従業員の健康管理に関する費用と考えられるためです。

人間ドック

会社が人間ドックの費用を負担する場合も、一定の条件を満たせば福利厚生費として処理できます。

国税庁は、一定年齢以上の希望者が全員受診でき、実際に受診した人すべてについて会社が費用を負担するケースでは、給与として課税する必要はないとしています。

そのため、たとえば次のような制度であれば、福利厚生費として処理しやすいでしょう。

• 40歳以上の全従業員を対象にする
• 希望者は同じ条件で受診できる
• 会社の負担額に一律の上限を設ける
• 一般的な人間ドックの範囲にとどめる

一方、社長や役員だけが高額な人間ドックを受診し、全額を会社が負担するような場合は、役員給与として扱われる可能性があります。

• 福利厚生費として処理する場合の仕訳例
  借方：福利厚生費　50,000円
  貸方：普通預金　50,000円
• 給与として扱う場合の仕訳例
  借方：役員報酬または給与手当　50,000円
  貸方：普通預金　50,000円

実際の税務上の取り扱いは、対象者、金額、会社の規程、受診内容などによって異なります。判断が難しい場合は、税理士などの専門家に確認しましょう。

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オプション検査

胃カメラ、乳がん検診、子宮頸がん検診、脳ドックなどのオプション検査についても、会社の健康管理制度として対象者や補助額を定めている場合は、福利厚生費として処理できる可能性があります。

たとえば、次のようなケースです。

• 一定年齢以上の全従業員を対象に胃カメラ検査を実施する
• 女性従業員全員を対象に婦人科検診の費用を補助する
• 業務上のリスクに応じて特定の検査を追加する
• 全従業員に一律のオプション検査補助額を設定する

ただし、従業員が自由に選択した検査を会社が無制限に負担する場合や、特定の人だけに高額な検査を提供する場合は注意が必要です。

会社負担の対象範囲を明確にし、上限額や対象検査を規程に記載しておきましょう。

再検査・精密検査

定期健康診断の結果を受けて行う再検査や精密検査の費用は、法定健康診断そのものとは性質が異なります。

法定健康診断は、従業員の健康状態を把握するための検査です。一方、再検査や精密検査は、異常の有無を詳しく確認したり、疾病の診断や治療につなげたりする目的で行われます。

会社が社内制度として再検査費用を補助している場合は、福利厚生費として処理する方法が考えられます。ただし、個人の疾病に対する診療費という性質が強い場合には、会社負担分が給与として扱われる可能性もあります。

処理を判断する際は、次の点を確認しましょう。

• 全従業員に共通する補助制度か
• 補助の対象や上限額が明確か
• 会社の健康管理施策として実施しているか
• 特定の従業員だけに個別支給していないか

なお、健康診断は原則として治療ではないため、個人の医療費控除の対象にはなりません。ただし、健康診断によって重大な疾病が見つかり、そのまま治療を受けた場合には、健康診断費用も医療費控除の対象となることがあります。

健康診断費用の負担方法による勘定方法

次に、企業の前払いや従業員建て替えなどの負担方法により、健康診断費用をどのように勘定するのかをご説明します。

従業員が立て替えた健康診断費用

従業員が健康診断費用をいったん支払い、後日会社が精算する場合も、会社負担の条件を満たしていれば福利厚生費として処理できます。

従業員が3万円を立て替えた場合は、まず次のように処理します。

• 従業員への未払金を計上する場合
  借方：福利厚生費　30,000円
  貸方：未払金　30,000円
• 従業員に振り込んだとき
  借方：未払金　30,000円
  貸方：普通預金　30,000円

経費精算システムを使用している会社では、仮払金や立替金などの勘定科目を経由することもあります。

精算時には、領収書だけでなく、受診日、健診機関、受診者、検査内容なども確認できるようにしておくことが重要です。

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会社が一部だけ負担する場合

会社が健康診断費用の一部を負担し、残額を従業員が負担するケースもあります。

たとえば、人間ドックの費用が5万円で、会社の補助上限が3万円の場合、会社負担分である3万円を福利厚生費として処理します。

会社が健診機関に全額支払い、従業員負担分を回収する場合

• 健診機関への支払い時：
  借方：福利厚生費　30,000円
  借方：立替金　20,000円
  貸方：普通預金　50,000円
• 従業員からの回収時：
  借方：普通預金　20,000円
  貸方：立替金　20,000円

給与から従業員負担分を控除する場合は、労使協定や給与控除のルールも確認する必要があります。

会社と従業員、それぞれの負担ルールをシステムや運用フローに反映させることで、仕訳の正確性を保ちながら、精算業務の工数削減に大きく貢献します。

個人事業主本人の健康診断費用

なお、個人事業主が自分自身の健康診断や人間ドックを受けた場合、その費用は原則として事業の必要経費にはできません。

健康診断は事業だけでなく、個人の健康維持にも関係する支出であり、一般的には事業主の個人的な費用として扱われるためです。

ここで、事業用の口座やクレジットカードから支払った場合は、次のように「事業主貸」で処理します。

• 借方：事業主貸　30,000円
• 貸方：普通預金　30,000円

健康診断費用を処理するときの注意点

健康診断費用は、勘定科目だけを決めれば終わりではありません。

税務上の説明や社内管理に備えて、制度の内容と証拠書類を整理しておく必要があります。

健診制度を社内規程に明記する

人間ドックやオプション検査を会社負担にする場合は、福利厚生規程や健康診断規程などに次の事項を記載しておきましょう。

• 対象となる従業員
• 受診できる健診の種類
• 会社が負担する金額
• 受診できる頻度
• 指定健診機関の有無
• 申請および精算方法
• 休職者や退職予定者の取り扱い

ルールが明文化されていれば、担当者ごとの判断のばらつきを防ぎやすくなります。

自社の運用に合わせた柔軟な制度設計には、エムスリーヘルスデザインの健康管理システム「ハピネスパートナーズ」のカスタマイズ性が力を発揮します。例えば、特殊健診の対象者抽出や、拠点ごとに異なる健診コースの設定、さらにはスタッフごとの担当範囲や閲覧権限の細かな制限まで、貴社固有の働き方や組織形態にフィットした運用が可能です。複雑な社内規程をそのままシステムに落とし込むことで、人的な判断ミスを防止し、税務上の妥当性も担保しやすくなります。

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請求書や受診者明細を保存する

健診機関から届いた請求書だけでは、誰がどの検査を受診したのか分からないことがあります。

請求書は、氏名とあわせて厳密に保管しましょう。

ただし、健康診断結果は機微な個人情報に該当します。経理担当者が確認する情報と、産業保健スタッフや健康管理担当者が管理する健診結果は、必要に応じて分けて管理することが重要です。

このデリケートな情報の切り分けも、「ハピネスパートナーズ」の権限設定機能が解決します。経理担当者には支払いに関するデータのみを、産業医や保健師には詳細な健診結果をといった具合に、利用者の役割に応じて閲覧範囲を厳格に制御できます。これにより、個人情報の安全性を確保しながら、経理処理と健康フォローアップという異なる業務を、一つのプラットフォーム上で円滑に並行させることが可能になります。

給与課税の有無を確認する

会社が負担した費用が福利厚生費として認められず、特定の役員や従業員に対する経済的利益と判断された場合は、給与として所得税の課税対象になる可能性があります。

特に注意したいのは、次のようなケースです。

• 役員だけが受診できる
• 特定の従業員だけに高額な健診を提供する
• 受診しなかった人にも現金を支給する
• 従業員が自由に利用できる現金を支給する
• 社内規程がなく、会社負担の基準が不明確
• 社会通念上、著しく高額な健診費用を負担する

国税庁は、福利厚生として課税されない経済的利益について、役員や従業員にとって均等であることを重視しています。

勘定科目の名称だけで判断しない

会計ソフト上で「福利厚生費」を選択していても、実態が役員や従業員への個人的な利益の提供であれば、税務上も福利厚生費として認められるとは限りません。

反対に、「安全衛生費」や「健康管理費」という独自の科目を使っていても、従業員の健康管理を目的とした適切な支出であれば、科目名だけで問題になるわけではありません。

大切なのは、次の3点を説明できる状態にしておくことです。

1. なぜ会社が費用を負担したのか
2. 誰を対象とした制度なのか
3. どのような基準で金額を決めたのか

健康診断の経理処理で担当者が抱えやすい課題

健康診断の勘定科目そのものは、基本的には福利厚生費です。

しかし、実際の健康診断業務では、勘定科目を決めること以上に、受診者や請求内容を確認する作業に時間がかかることがあります。

たとえば、複数の拠点や健診機関を利用している会社では、次のような作業が発生します。

• 従業員ごとに受診対象の健診を確認する
• 健診機関ごとの料金を確認する
• 予約日時を調整する
• 未予約者や未受診者に連絡する
• 複数の健診機関から届く請求書を確認する
• 会社負担と従業員負担を分ける
• オプション検査の費用を確認する
• 請求内容と受診実績を照合する
• 健診結果を回収し、対象者をフォローする
• 拠点や雇用区分ごとに受診状況を集計する

特に、請求書に受診者名や検査内容が十分に記載されていない場合、経理担当者は人事・総務担当者や健診機関に確認しなければなりません。

また、人事・総務側でも、予約管理表、受診者リスト、請求書、健診結果が別々に管理されていると、同じ情報を何度も入力することになります。

健診代行サービスを利用するメリット

健康診断に関する業務負担を減らす方法の一つが、健診代行サービスの利用です。エムスリーヘルスデザインの健診代行サービスでは、例えば次のような健診にまつわる業務をオーダーメイドで受注できます。

• 健診予約の調整
• 医療機関との連絡・確認
• 従業員からの問い合わせ対応
• 日程変更やキャンセルの調整
• 請求関連業務の整理
• 健診運用フローの設計

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エムスリーヘルスデザインの健診代行サービスの特徴

• 貴社の運用に合わせて柔軟に設計：
  企業ごとの勤務形態、拠点数、従業員数、既存の業務フローに合わせて、無理のない運用方法を設計できます。
• 新しい医療機関との契約にも対応：
  これまで利用していない医療機関で健診を実施したい場合も相談可能です。追加費用なしで新たな医療機関の開拓にも対応できます。
• 受診票・問診票・検尿キットの送付先も選択可能：
  受診票、問診票、検尿キットなどの送付先は、事務所に一括や従業員の自宅宛てに個別送付など、企業の運用に合わせて柔軟に設定できます。
• 既存フローに合わせた予約方法を設計可能：
  予約方法も、現在の運用に合わせて調整できます。たとえば、企業側であらかじめ予約枠を確保する方法や、従業員から希望日を集めて調整する方法など、状況に応じて柔軟に進められます。
• 定期健康診断以外の健診にも対応：
  定期健康診断だけでなく、雇用時健診や海外赴任前後の健診、その他各種健診コースにも対応しています。
• 巡回健診で従業員の移動負担を軽減（オプション）：
  医療チームが直接職場を訪問するため、従業員の移動時間を削減できます。勤務時間内の限られた時間でも受診しやすく、企業と従業員双方の負担を大幅に抑えられます。

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経理処理の「その先」へ。健診業務の工数を87％削減し、データを利益に変える「ハピネスパートナーズ」

健康診断費用の適切な仕訳は、ガバナンスと福利厚生の基盤となりますが、真の課題はその背後に隠れた膨大なアナログ業務にあります。紙やExcelを用いた転記、未受診者への催促、そして複数の拠点からバラバラに届く請求書の照合。これら「経理・総務の生産性を低下させる原因」の解消を強力にサポートするのが、エムスリーグループの健康管理システム「ハピネスパートナーズ」です。

ハピネスパートナーズを導入すれば、分散していた健康関連情報をクラウド上に集約し、担当者の負担を抑えながら、組織全体の健康課題を把握しやすくなります。

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セキュリティ対策

従業員の健康情報を適切に取り扱うため、第三者認証に基づいた情報管理体制が整えられています。

• クラウドサービスの安全管理に関する「ISO27017」を取得
• プライバシー情報マネジメントの国際規格「ISO27701」を取得 

また、利用者の役割に合わせて閲覧範囲や操作権限を設定可能です。人事担当者、産業医、保健師など、それぞれに必要な情報だけを共有できるため、安全性と業務上の利便性を両立できます。

健康管理業務を効率化し、戦略的なコア業務へシフト

多くの企業では、紙の書類や複数のExcelファイルを用いたアナログな管理により、データの転記ミスや受診勧奨の漏れといった実務の煩雑さが課題となっています。ハピネスパートナーズを導入することで、健診予約から受診状況の把握、結果の入力までをシステム上で一気通貫・効率化で管理できます。この定型業務の効率化により、人事担当者は事務作業の板挟みから解放され、職場環境の改善や健康経営の企画立案といった、企業の成長に直結する本来のコア業務に注力できるようになります。

事前の情報共有が実現する、質の高い産業医面談

産業医面談において、当日に初めて健康状態を確認するような情報不足の状態では、限られた時間で深いアドバイスを行うことは困難です。システムを通じて、面談前に産業医が過去の健診結果や健康上の注意点をクラウド上で事前に確認できる体制を整えることで、収集の手間を省きながら対象者の状態を正確に把握できます。事前の準備が整うことで、面談当日はより具体的な生活指導やメンタルケアが可能になり、従業員の健康増進に向けた実効性の高い面談が実現します。

データの可視化により、組織課題を利益に変える

健診データが単なる「保存された記録」に留まり、組織の改善施策に活用されていない現状は、企業にとって大きな機会損失です。ハピネスパートナーズは蓄積されたデータを即座に可視化し、従業員本人には生活習慣を促す客観的なフィードバックを、組織には部署単位の健康傾向を提示します。個人と組織の両面から健康課題を浮き彫りにすることで、優先すべき施策の根拠が明確になり、生産性向上に繋がるデータに基づいた健康経営の推進が可能となります。

情報の一元管理で、部門間のスムーズな連携を加速

健診結果や面談記録が各所に散逸している状態では、情報の引き継ぎ漏れが発生しやすく、人事労務と産業保健スタッフの連携不足を招きます。クラウド上で健康診断の結果からストレスチェック、産業医の面談履歴までを一括管理することで、必要な情報へ即座にアクセスできる環境を構築します。管理不全によるリスクを排除し、正確なデータに基づいた情報共有が促進されることで、人事労務と専門職が一体となったスピーディーな従業員対応が可能になります。

身体と心の統合支援で、休職・離職リスクを早期検知

身体の健康管理とメンタルヘルス対策が分断されていると、従業員の不調のサインを見落とす危険性があります。ハピネスパートナーズと合わせて、「職場のストレスチェック+plus」やEAPサービスを利用することで、身体的健診データと心のストレスリスクを同一画面で分析できるようになります。心身の状態を一体的に捉えることで、不調の兆候を多角的にキャッチし、休職や離職に至る前の早期対策を講じることが可能になります。

また、ハピネスパートナーズと健診代行サービスを組み合わせることで、煩雑な産業保健業務を効率化し、従業員の健康維持から離職リスクの低減までを一気通貫で支援します。管理部門の負担を最小限に抑え、持続可能な健康経営の実現に向けて、エムスリーヘルスデザインと共に新たな一歩を踏み出しませんか。

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